2003年，公司率先在業內制定建立GMP車間的計劃。
2004年，公司完成股份制改革，正式更名為＂江蘇南京農大動物藥業有限公司＂
2007年，公司確立東北市場取得進一步發展，中部地區和南方市場同時取得重突破，2007年上半年，公 司銷量同比增加200%，產品一度供不應求。
2008年，公司在山東市場取得階段性成功，廣東、廣西市場發展迅猛；同年公司獲得“江蘇省質量信得 過企業”稱號。
2009年，新廠房破土動工，公司的發展史上將迎來新一輪飛躍。
2010年，新廠七條生產線全面通過農業部認證。南農藥業也伴著本次達標迎來了新的跨越式發展。
2011年，成立全資子公司“金南農生物技術有限公司”，進入水產藥品市場。
2015年，新增GMP車間驗收。 2017年，新增寵物產品生產線。
2018年，盱眙分公司成立，13條生產線通過GMP驗收。 2019年，公司落戶國家級農創園。